home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Danny Amor's Online Library / Danny Amor's Online Library - Volume 1.iso / html / misc / data / pdoc00522 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-07-25  |  2.2 KB  |  45 lines
  1. ************************
  2. * IRF family signature *
  3. ************************
  4.  
  5. Viral infections induce  the  expression  of type I interferons (IFN-alpha and
  6. IFN-beta) genes. The induction is due to the transcriptional activation of the
  7. IFN genes.  Interferon regulatory factor I (IRF-1) is one of the transcription
  8. factors responsible for that activation. IRF-1 binds to an upstream regulatory
  9. cis element, known as the interferon consensus sequence (ICS),  which is found
  10. in the promoters of type I IFN and IFN-inducible MHC class I genes. Interferon
  11. regulatory factor 2 (IRF-2) is a protein that also interacts with the ICS, but
  12. that does not function as an activator;  rather, it suppresses the function of
  13. IRF-1 under certain circumstances [1].
  14.  
  15. The IRF proteins share a highly conserved  N-terminal domain of 114 amino acid
  16. residues which is probably involved in DNA-binding  and  which is also present
  17. in the following proteins:
  18.  
  19.  - Interferon consensus sequence binding protein (ICSBP) [2],  a transcription
  20.    factor expressed predominantly in lymphoid tissues and induced by IFN-gamma
  21.    that also binds to the ICS.
  22.  - Transcriptional regulator ISGF3 gamma subunit [3]. ISGF3 is responsible for
  23.    the initial stimulation of interferon-alpha-responsive genes. It recognizes
  24.    and binds to  the interferon-stimulated  response element (ISRE) within the
  25.    regulatory sequences of target genes.
  26.  
  27. These proteins share a  highly  conserved  N-terminal domain of 114 amino acid
  28. residues which is probably involved in DNA-binding.  As  a  signature for this
  29. family of proteins we selected a  conserved region in position 74 to 96 of the
  30. domain.
  31.  
  32. -Consensus pattern: P-x(2)-W-K-[TA]-x(2)-R-C-A-[LIVM]-N-x(6)-E-V-x-[DE]
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  36.  
  37. [ 1] Taniguchi T.
  38.      J. Interferon Res. 9:633-640(1989).
  39. [ 2] Driggers P.H., Ennist D.L., Gleason S.L., Mak W.-H., Marks M.S.,
  40.      Levi B.-Z., Flanagan J.R., Appella E., Ozato K.
  41.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87:3743-3747(1990).
  42. [ 3] Veals S.A., Schindler C., Leonard D., Fu X.-Y., Aebersold R.,
  43.      Darnell J.E. Jr., Levy D.E.
  44.      Mol. Cell. Biol. 12:3315-3324(1992).
  45.